História podniku je spojená so vznikom Československej republiky v r. 1918 i keď niektoré priestory využívala armáda už za Rakúsko – Uhorskej monarchie. Prvý doklad, ktorý potvrdzuje existenciu inštitúcie, ktorú môžeme považovať za právneho predchodcu Vojenských lesov a majetkov SR, š. p. (ďalej len VLM SR, š. p.) je Vládne nariadenie č. 76 z r.1928, ktorým sa zriaďujú Vojenské lesní podniky.
V rokoch 1946-1951 boli založené Vojenské výcvikové priestory, v ktorých hospodársku činnosť vykonávali VLM SR. Povojnové obdobie charakterizoval nedostatok mechanizmov, odborného personálu a robotníkov. Výchova a ochrana lesa boli v dobe vojny značne zanedbávané, čo predurčilo nástup veterných a kôrovcových kalamít.
V šesťdesiatych a sedemdesiatych rokoch sa povojnová situácia začala zlepšovať. Nastalo štádium všeobecného rozvoja, kedy sa sformovala a neskôr naďalej rozširovala základná infraštruktúra podniku. Do praxe boli implementované nové vedecko – technické poznatky, čo vyústilo v úplnú mechanizáciu ťažby dreva a niektorých ďalších činností pridruženej výroby. V tomto období vzrástla úloha VLM SR, š. p. v ochrane krajiny a životného prostredia vo vojenských výcvikových priestoroch, ktorá sa riešila najmä veľkoplošnými asanačnými a rekultivačnými opatreniami.
Vojenské lesy a majetky Slovenskej republiky, štátny podnik so sídlom v Pliešovciach, vznikli po rozdelení Československa 1. januára 1993 zakladacou listinou Ministerstva obrany SR ako verejnoprospešný podnik pre správu a využívanie lesného a poľnohospodárskeho majetku a prírodných zdrojov. Štátny podnik riadi priamo Správu lesov Vidov Vrch a odštepné závody v Malackách, Kežmarku a Kamenici nad Cirochou.